Ti podaci, međutim, nisu dovoljnino jasni da bi se tačno moglo utvrditi poreklo porodice u kojoj se rodio Stevan Mokranjac. Zna se da mu je otac – zvao se i on Stevan – poreklom iz sela Mokranja, u blizini Negotina. Zna se da se i otac već nazivao Mokranjac, a poznato je da se, po porodici, prezivao Stojanović. Rodio se u Negotinu, u krajinskom okrugu – imamo jedan Negotin i na Vardaru – 27. decembra 1855; po novom kalendaru 8. januara 1856. Otac je umro treći dan po rođenju malog Stevana, koji mu je bio deveto dete. Majka potonjeg kompozitora zvala se Marija, rodom iz Milanova, iz sela Sikole.

Posle smrti muževljeve – on je bio trgovac i vlasnik hotela "Evropa", jednospratne zgrade – majka Mokranjčeva, kojoj je većina dece bila pomrla, ostala je u teškim materijalnim prilikama sa još četvoro dece koje je trebalo odnegovati i školovati. Ipak, čini se, bila je vedra žena, jer Mokranjac navodi da je već u ranom detinjstvu umeo da peva narodne pesme što ih je naučio slušajući pevanje svoje majke, sestre Vejke Jelisavete (umrla 1887 ) i brata Laze ( umro 1867 ). Od petoro braće i četri sestre ostao mu je samo brat Vasa” .

Nadežda Mosusova u svom radu "Mesto Stevana Mokranjca među nacionalnim školama evropske muzike" kaže: "Mokranjac je kao Kornelije Stanković i ostali srpski muzičari dobio muzičko obrazovanje na Zapadu; u stvari tamo ga je jedino u ono doba i mogao dobiti. Retki srpski intelektualci koji su imali mogućnosti da se muzički školuju u inostranstvu bili su upućeni na Beč, Peštu, Minhen ili Prag. Vojvođani su se školovali u okviru Austro – Ugarske, odlazeći u Peštu ili Prag, a muzičari iz Srbije opredeljivali su se za Nemačku, uglavnom Minhen. Zato je bilo prirodno da su svi oni, bar na početku, a često i do kraja, za uzor u svome radu mogli imati samo nemačke kompozitore.

Studirajući muziku u Nemačkoj i Italiji, Mokranjac je prošao kroz dobru kompozicionu školu. Od prvih koraka u svojoj muzičkoj karijeri, prilagodio je rezultate svojih studija specifičnim uslovima u kojima će živeti. Kod mladića iz Negotinske krajine rano se pokazala muzička obdarenost; odmalena se potpuno bio srodio sa narodnim i pravoslavnim crkvenim pesmama, slušajući svuda oko sebe narodnu muziku i pevajući u crkvi.Kao gimnazista svirao je violinu i klavir, bio među drugovima poznat kao dobar pevač a takođe je komponovao nekoliko početničkih, diletantskih komada – za gudački kvartet! Oni ne ulaze u obimni opus koji je kao zreo kompozitor popunio brojnim delima. Najinteresantnija su i najznačajnija među njima vokalne svite – Rukoveti narodnih pesama i crkvene kompozicije, u kojima se najizrazitije prezentu snaga njegovog talenta".

O Mokranjčevom pripadanju slobodnim zidarima osvrnula se Stana Đurić – Klajn u knjizi ,, Mladi dani Stevana Mokranjca” : "Jedino njegovo opredeljenje za određeni idejni krug izraženo je kasnije, 1890. godine, kada je pristupio pokretu "Slobodnih zidara" i postao član tzv. Beogradske lože. Da li je on, boraveći u inostranstvu, imao prilike da se upozna sa osnovnim ciljevima te organizacije, da li su na njega, da priđe tom pokretu, uticali prijatelji – masoni, teško je danas prosuditi, pošto o tome nema nikakvih pisanih dokumenata. Verovatno je da je on u slobodnom zidarstvu, čije su osnove bile humanističke i prosvetiteljske, nalazio nešto što je odgovaralo njegovim pogledima na svet, na uzajamnost u ljudskim odnosima. Koliko je bio cenjen među masonskom braćom i privržen njima vidi se iz činjenice da je Mokranjčev pogreb odnosno prenos posmrtnih ostataka (1923. god.) iz Skoplja u Beograd finansirao Đorđe
Vajfert, predsednik vrhunske masonske lože u Jugoslaviji, inače bogati indrustrijalac i mecena”.

Stevan Mokranjac je bežeći sa porodicom iz bombardovanog Beograda 1914. god. već prilično bolestan stigao u Skoplje. O tome Kosta Manojlović u Spomenici kaže: "U utorak 16. septembra 1914. god. umro je tiho u noći Stevan St. Mokranjac u svojoj pedeset devetoj godini, i sahranjen uz učešće prijatelja i poštovaoca u skopljanskom groblju. O poslednjim danima Mokranjčevim, pustimo g. Nušića da nam priča: "Dva puta smo se u životu sreli tamo dole iza Kopaonika i Suhe Planine. Jedanput je to bilo dosta davno, devedesetih godina kada je Mokranjac objavio već sedam svojih rukoveti koje su plenile i osvajale širom Srpstva. Tada je sišao na Kosovo, gde sam ja boravio kao konsul, i probavio kao moj gost mnogo mnogo dana, pribirajući građu za osmu ukovet. Organizovali smo bili tada zajednički rad, te svakodnevno pribirali sa pazara seljake i seljanke, dovodili iz grada i okoline starije ljude i žene, dobavljali iz raznih krajeva Kosova poznatije pevače, te je Steva probavljao sa njima od jutra do mraka, beležeći svaki ton i svaku varijaciju. Čudan je taj posao izgledao tada tamošnjem svetu, te nikako nije mogao razumeti umetnika. Prošlo je mnogo i mnogo godina od našega prvoga susreta i jednog dana – on je stigao u Skoplje. Ali, niti je to bilo doba kada se kome pevalo, niti je Steva bio kadar te pesme beležiti.To je bilo kobne 1914. god. kada su neprijateljske granate zasule srpsku prestonicu i naganale u begstvo bezbroj porodica. Steva je sa porodicom na tome mučnome, izbegličkom putu, preživeo vrlo teške dane, te su te nevolje njegov već klonuli duh još više oborile i kada je u tada prenaseljenome Skoplju jedva našao sebi krova, nije našao i pravoga mira i odmora koji mu je toliko potreban bio.

A jednoga dana – to je bilo na Krstov dan – on sa jedne duge šetnje dođe preumoran kući i supruga mu u očima jasno pročita, da je to bila njegova poslednja šetnja. Oko postelje mu sabrali smo se svi, predosećajući da će nam to biti poslednje viđenje sa Stevom. Sutra dan se sleglo celo Skoplje da oda poslednju poštu posmrtnim ostacima velikog umetnika. Sprovod se krenuo najpre levom stranom, a zatim desnom obalom Vardara, a daleko tamo na severu gruvali su neprijateljski topovi preteći smrću srpskoj prestonici”.